Die erste Orgel in der Januariuskirche wurde im Jahr 1741 auf einer Empore im Chorraum eingebaut. Sie war allerdings wesentlich älter, da sie von der Kirchengemeinde Pleidelsheim erworben wurde.
Im Jahr 1865 hatte sie dann ausgedient und wurde durch einen Neubau ersetzt.
Bei der Renovierung von 1924 setzte man diese vom Chorraum auf die Empore über dem Haupteingang.
Zur nächsten Renovierung im Jahr 1964 nahm man erneut Geld in die Hand um ein neues Instrument anzuschaffen. Diese wurde von der Firma Walcker im Chorraum aufgebaut, die damals den Versuch unternahm, Orgeln in Serie zu fertig. Der Versuch scheiterte und war sicherlich mit verantwortlich, das bereits 45 Jahre später die heutige Orgel von der Firma Mühleisen gekauft und überwiegend aus Spenden finanziert wurde.
Da der Neubau nicht auf die Empore oder in den Chorraum zurück konnte, entschied man sich für den Standort gegenüber des Baldachins. Dafür kürzte man sogar die
Empore ein um der Orgel die benötigte Höhe einzuräumen.
Der klimatisch bedingt benötigte Abstand zur Außenwand der Kirche ermöglicht es dem Besucher heute, von der letzten Reihe in der Empore einen Blick „hinter die Kulissen" zu werfen. Von der ersten Emporenreihe aus können Sie die Orgelpfeifen aus nächster Nähe betrachten.
Für die Orgel wurde eine schlichte Form mit klassischem Orgelprospekt gewählt, der aus Kirschbaumholz gefertigt ist um sich den anderen Holzelementen im Kirchenraum anzulehnen. In vorderster Reihe steht das Register Prinzipal 8'(Fuß). Insgesamt verfügt die Orgel über 1056 Labial- und Zungenpfeifen in 17 Registern, die über zwei Manuale in klassisch mechanischer Art gespielt werden können und dabei ein barockes Klangbild entfalten. Ein Highlight ist ohne Zweifel der Zimbelstern in der oberen Mitte des Orgelprospekts. Er erklingt vor allem an Weihnachten zur dritten Strophe von „O du fröhliche" und verleiht dem Musikstück zusätzlich einen festlichen Klang. Oberhalb der Manuale kann die Orgel durch zwei fensterartige Schiebetüren geöffnet werden. Dadurch erhalten vor allem die hohen Töne der kurzen Pfeifen eine ganz andere Entfaltung.